Аннулировать не получится — к сожалению, нет такого функционала в этой системе.
Повторно такую же анкету не даёт создать, скорее всего, именно из-за того, что с таким номером паспорта и именем уже есть. Но это только моё предположение. Может и просто какие-то временные проблемы с системой или локальные проблемы с браузером (но маловероятно). Попробуйте на другом компьютере - если та же проблема, то значит дело точно в системе. Попробуйте заполнить анкету добавив/убрав пробел между серией и номером паспорта — раньше это помогало обходить проверку наличия уже такой же анкеты в системе.
А Вы вообще именно в консульство хотите подать? В визовый центр можно не записываться и прийти с той анкетой, что у Вас есть (или вообще от руки заполнить).