Отзывы, которые я слышал, говорят о том, что в Консульстве эти дни пребывания в Португалии по продлённой визе рассматривают как дни пребывания в Шенгене и новый откроют только по прошествии 90 дней. Насколько это соответствует визовому кодексу сказать сложно -- видимо в разных странах разные интерпретации, раз консульства других стран открывали шенгены без учёта этих "доп." дней в Португалии.
Теоретически для матери ребёнка-португальца должны выдать визу бесплатно и за один день (ну или очень быстро). Но насколько повлияет предыдущая история именно в этом случае и именно в Португальском Консульстве -- не знаю. Если едете с ребёнком, то визу открыть должны без каких-либо условий, т.к. ребёнку нельзя запретить въезд, а его Вы его сопровождаете (но это, как я понимаю, будет не шенген). Если ребёнок живёт в Португалии и едете к нему, то не знаю точно, какие могут вопросы возникнуть. А в SEF вы спрашивали что-то по этому поводу? Что там про получение новой визы говорят?
Вообще, лучше всего, если Вы обратитесь с вопросом непосредственно в Консульский отдел Посольства Португалии в Москве (по телефону или по электронной почте можно туда написать).