Смотря что написано в вашей страховке (какая у вас страховая сумма). Как следует из списка документов на визу D, она должна быть не менее 30 тыс евро. С другой стороны, не исключено, что требования на визу D и требования SEF могут оказаться разными.
Кстати, если вы собираетесь реально жить в Португалии, страховка вам обязательно нужна. По-крайней мере, пока вы не ориентируетесь в местном здравоохранении, поэтому скорее всего вы правильно поступили, оформив португальскую мед страховку.
Когда вы собираетесь в SEF? Я записан на начало сентября. Постараюсь уточнить ситуацию, и напишу.