Не обязательно. Если запись сделана вовремя (не позднее 30 дней после окончания текущей визы), то за время после окончания текущей визы штраф не берут, при этом продление выписывают на оставшееся количество дней (90 - кол-во дней уже прожитых без визы). Есть практика, когда из-за этих длинных очередей сразу "двойное" продление (90+90) делают за одно посещение SEF.
А что касается расчётов дней в Консульстве: если вы считаете, что там действуют неправильно и порядок расчёта в вашем случае не соблюдается, то всегда есть возможность обращаться к: а) руководству в Консульском отделе/Посольстве, б) служба МИД, стоящая над консульствами, в) службы ЕС, отвечающие за это направление.