А какие в португальском алфавите существуют надстрочные знаки? Я нашел пока три - тильда, домик и запятая. Являются ли они обязательными, как у нас в букве Й или это опционально, как у нас с буквой Ё?

Кстати, а как вы эти знаки набираете на этом форуме? У вас португальская клавиатура?
Есть еще 2 ударения: обычное и "обратное". Эти знаки обязательные, в зависимости от них может полностью меняться смысл слова.
Для набора я пользуюсь вот этим
http://portuguese.typeit.org/